De collectie van het Natuurhistorisch Museum Rotterdam is landelijk gezien (in vergelijking met andere natuurmusea) middelgroot en omvat vele honderdduizenden objecten. Een exacte telling is bijna onmogelijk omdat bijvoorbeeld bij schelpen wordt uitgegaan van aantallen 'monsters' (een aantal schelpen van dezelfde soort die op een bepaalde plaats en op een bepaalde dag zijn verzameld en samen in een doosje worden bewaard). Wanneer bijvoorbeeld van losse schelpen wordt uitgegaan, komt een telling vele malen hoger uit. Ook de grootte van collectiestukken loopt erg uiteen. Zo is de verzameling van duizenden foraminiferen (eencelligen met een kalkskelet) opgeborgen in één kleine ladenkast en neemt een skelet van een potvis een hele hal in beslag. Slechts een klein deel van de collectie (< 5%) is tentoongesteld in de vaste presentaties wereldNatuur en het Kabinet van dr A.B. van Deinse, en hangt of staat her en der in het museum. De rest is, beschermd tegen de invloeden van licht, temperatuur en trilling, opgeslagen in collectie-depots achter de schermen. Belangrijke collectie-onderdelen zijn:
2000 skeletresten van fossiele zoogdieren (meest Pleistoceen)
2000 opgezette vogels
5000 ongemonteerde vogelskeletten en losse schedels
750 vogelbalgen
200 opgezette zoogdieren
500 zoogdierbalgen
500 zoogdierskeletten en losse schedels
1000 vissen op alcohol
330 reptielen en amfibieën op alcohol
21000 kevers
66000 mieren, wespen en bijen
30000 vlinders
1500 spinnen op alcohol
5000 krabben en kreeften (meest op alcohol)
60000 monsters schelpen
10000 herbariumbladen (hogere planten)
1000 stenen en mineralen
1000 monsters foraminiferen
550 zeesterren en zee-egels
Van het merendeel van het materiaal is bekend waar, wanneer en door wie het gevonden/verzameld is; ook is de soort waartoe het object behoort bekend. Dit zijn belangrijke voorwaarden voor de opname van stukken in de collectie. Voorzien van deze zogenaamde 'vindplaatsgegevens' heeft een collectie het oormerk 'wetenschappelijk' en kan hij voor onderzoek gebruikt worden, bijvoorbeeld op het gebied van systematiek & taxonomie, (vergelijkende) anatomie en biogeografie.
.jpg)
-web.jpg)

uit de collectie van links naar rechts: NMR9989-0932 Hop, NMR9930-38915 Chlamy islandica, NMR9991-0132 Macroglossus minimus booensis